Développeur de logiciels 1 freelance

Le Stanford Center for Genomics and Personalized Medicine (SCGPM) offre une opportunité passionnante…

Le Stanford Center for Genomics and Personalized Medicine (SCGPM) offre une opportunité passionnante à un développeur de logiciels motivé pour nous ai freelance…

er à créer une infrastructure de données qui automatisera le processus de transformation des grandes données génomiques en connaissances biomédicales. La personne idéale pour ce poste est une personne à l’écoute, capable d’interpréter des questions biologiques, d’évaluer la valeur et la pertinence de différentes technologies et méthodes, ainsi que de prototyper et de fournir rapidement des solutions techniques exploitables.
Poste :
Le ministère des Anciens Combattants a commandé le séquençage de plus de 150 000 génomes entiers de participants au programme Million Veteran [voir : https://www.mvp.va.gov/]. Ces données sont actuellement transmises à l’environnement informatique en nuage de Stanford et constituent l’un des plus grands dépôts de données de séquençage de génomes entiers au monde. L’échelle et la richesse de ces données en font une ressource incroyable pour la recherche biomédicale. Notre objectif est de transformer ce lac de données en un lieu commun de données, un environnement informatique dynamique où les chercheurs posent des questions et obtiennent des réponses, sans avoir à passer par l’épreuve de la collecte, du nettoyage, du massage, de la cire, du frottement, du tri, de la transformation et du filtrage manuels des données.
Les tâches comprennent :
Développer des API GraphQL qui permettent aux chercheurs d’interroger efficacement les méta/données de manière contrôlée et sécurisée.
Développer un portail web qui permet aux chercheurs de visualiser facilement les ressources et les analyses disponibles dans notre centre de données et qui fournit des fonctionnalités API tout en évitant d’avoir à écrire des requêtes API.
Intégrer les API GraphQL aux bases de données Graph (Neo4j) et SQL (BigQuery, PostgreSQL, etc.)
Utilisation de la GRANDstack pour le développement d’applications
Utiliser les langages de requête Cypher et SQL pour interroger les bases de données Neo4j et SQL et mettre à jour les modèles de données.
Respecter les principes de conception des architectures sans serveur et des microservices
Rédiger une documentation facile à comprendre et des tutoriels (avec des exemples) expliquant comment utiliser le portail Web et les API.
Rédiger des tests unitaires et d’intégration pour chaque service
Utilisation d’outils de configuration en tant que code (Terraform) pour gérer le déploiement des applications.
Transformation des données génomiques à partir de formats de fichiers personnalisés en formats natifs de la base de données.

Qualifications souhaitées :
Diplôme de quatre ans ou expérience équivalente
Expérience en matière de développement de front-end (Javascript, HTML, CSS, React) et de back-end (API et bases de données).
Aisance à programmer en Python
Capacité à représenter graphiquement de manière indépendante les objets des projets de recherche et à assembler des solutions à partir d’un éventail de technologies, de normes et d’approches.
Désir d’apprendre de nouvelles méthodes et technologies et de s’adapter aux exigences d’une recherche au rythme soutenu
Excellentes aptitudes à la communication orale et écrite
Une expérience de l’informatique en nuage est un atout
Une expérience des bases de données (SQL, Neo4j) ou des technologies big data (BigQuery, Spark) est un atout.
Connaissance des principes FAIR de gestion des données.

L’équipe :
Notre équipe principale de bioinformatique SCGPM est un groupe multidisciplinaire composé d’une douzaine de scientifiques, d’ingénieurs et de développeurs de logiciels aux parcours complémentaires, chacun apportant sa propre expertise dans la gestion et l’analyse de données biomédicales complexes [voir http://med.stanford.edu/gbsc/scgpm-team.html]. Les projets soutenus par cette équipe comprennent le Stanford Genome Sequencing Center, le Stanford Center for Excellence in Stem Cell Genomics (financé par le CIRM), le VA’s Million Veteran Project et le ENCODE Functional Genomics Project. Le titulaire de ce poste pourra travailler sur place dans nos bureaux de Palo Alto ou travailler à distance.
QUALIFICATIONS SOUHAITÉES :
Diplôme de quatre ans ou expérience équivalente
Expérience en matière de développement de front-end (Javascript, HTML, CSS, React) et de back-end (API et bases de données).
Aisance à programmer en Python
Capacité à représenter graphiquement de manière indépendante les objets des projets de recherche et à assembler des solutions à partir d’un éventail de technologies, de normes et d’approches.
Désir d’apprendre de nouvelles méthodes et technologies et de s’adapter aux exigences d’une recherche au rythme soutenu
Excellentes aptitudes à la communication orale et écrite
Une expérience de l’informatique en nuage est un atout
Une expérience des bases de données (SQL, Neo4j) ou des technologies big data (BigQuery, Spark) est un atout.
Connaissance des principes FAIR de gestion des données.

FORMATION ET EXPÉRIENCE (REQUISES) :
Baccalauréat et trois ans d’expérience pertinente ou une combinaison d’études et d’expérience pertinente.

CONNAISSANCES, COMPÉTENCES ET APTITUDES (REQUISES) :
Connaissance actuelle des derniers logiciels et des normes de conception.
Capacité à définir et à résoudre des problèmes logiques pour des applications techniques.
Connaissance et capacité à sélectionner, adapter et utiliser efficacement une variété de méthodes de programmation.
Capacité à reconnaître et à recommander les changements nécessaires dans les procédures d’utilisation et/ou d’exploitation.
Connaissance de base des principes du génie logiciel.
Connaissance approfondie d’au moins un langage de programmation.

CERTIFICATIONS ET LICENCES :
Aucune.

EXIGENCES PHYSIQUES* :
Effectuer constamment des tâches informatiques de bureau.
Fréquemment assis, saisie légère/manipulation fine.
Occasionnellement debout/marche, écrire à la main.
Utiliser rarement un téléphone, soulever/porter/pousser/tirer des objets pesant jusqu’à 10 livres.

– Conformément aux obligations qui lui incombent en vertu de la loi, l’Université fournira des aménagements raisonnables à tout employé handicapé qui en a besoin pour exécuter les fonctions essentielles de son poste.

CONDITIONS DE TRAVAIL :
Peut travailler pendant des heures prolongées, le soir et les fins de semaine.

NORMES DE TRAVAIL (de JDL) :
Compétences interpersonnelles : Démontre la capacité de bien travailler avec les collègues et les clients de Stanford et avec les organisations externes.
Promouvoir une culture de la sécurité : Démontre son engagement envers la responsabilité personnelle et la valeur de la sécurité ; communique les problèmes de sécurité ; utilise et promeut des comportements sûrs basés sur la formation et les leçons apprises.
Le candidat est soumis et doit se conformer à toutes les politiques et procédures applicables de l’Université, y compris, mais sans s’y limiter, les politiques du personnel et les autres politiques figurant dans le Guide administratif de l’Université, http://adminguide.stanford.edu.

Pour en savoir plus sur le freelance : https://www.transportissimo.com/star-service-au-dela-du-tracking-sur-mesure/
Source Freelance 2 : https://www.indeed.com/rc/clk?jk=6dbfb695ce6f40b2&fccid=1ba7f338730ce720&vjs=3
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